W dniu 8 października 1945 roku, dekretem Krajowej Rady Narodowej zostaje powołana Akademia Lekarska w Gdańsku, jako pierwsza samodzielna uczelnia medyczna podporządkowana Ministrowi Zdrowia. W tym czasie w pomieszczeniach Zakładu Radiologii dawnego szpitala miejskiego w Gdańsku powołana zostaje Katedra i Klinika Radiologii i Radioterapii, a jej organizację powierza się prof. Ksaweremu Rowińskiemu, uczniowi prof. Karola Mayera z Poznania. Zaczątkiem Oddziału Radioterapii staje się zyskanie z darów szwedzkich i przydziałów UNRRA 1 grama radu, a także 2 aparaty do rentgenoterapii ocalone po poprzednich gospodarzach. Oddział Radioterapii obsługuje początkowo jedynie chorych ambulatoryjnych i hospitalizowanych w innych klinikach AMG, w jego pracy aktywnie uczestniczy dr Halina Kleina-Dacewicz – szkolona w Instytucie Onkologii w Warszawie i dr Zbigniew Rychłowski, który w 1947 roku powrócił z Anglii i przez kilka lat był kierownikiem Działu Radioterapii. W 1951 roku prof. Rowiński zostaje powołany na stanowisko dyrektora Departamentu Szkół Wyższych w Ministerstwie Zdrowia i przenosi się do Warszawy.
Kierownictwo Katedry Radiologii i Radioterapii Rada Wydziału i Senat AMG powierzają prof. dr Witoldowi Grabowskiemu, absolwentowi Uniwersytetu Jana Kazimierza we Lwowie, uprzednio Kierownikowi Zakładu Radiologii we Wrocławiu. Profesor Grabowski organizuje 60-łóżkowy Oddział Radioterapii.
Od 1951 roku, po raz pierwszy wprowadza się zajęcia z radioterapii dla studentów IV roku Wydziału Lekarskiego (15 godzin). Profesor Grabowski organizuje tzw. “kominki radiologiczne” dla poszczególnych klinik, których tradycja trwa do dnia dzisiejszego. Od grudnia 1953 roku aktywny udział w organizowaniu Oddziału Radioterapii bierze dr Tadeusz Zieliński, asystent Kliniki Położnictwa i Chorób Kobiecych AMG, twórca gdańskiej onkologii ginekologicznej. W 1957 roku dr Aniela Cicholska przebywa na 6-miesięcznym kursie z zakresu histopatologii patologicznej przy Oddziale Radioterapii Instytutu Onkologii w Warszawie. W roku akademickim 1960/61 wyjeżdża na szkolenie do Instytutu Onkologii w Warszawie 3 asystentów Oddziału Radioterapii. W 1961 roku uzyskują I stopień specjalizacji w zakresie radioterapii pierwsi asystenci: dr Jadwiga Sułocka i dr Eugeniusza Jordan. W 1963 roku Katedra i Radioterapii organizuje Ogólnopolski Zjazd Radiologów Polskich. Zjazd obraduje równolegle w trzech sekcjach: diagnostyki radiologicznej, radioterapii i zastosowania izotopów promieniotwórczych w naukach podstawowych.
9 lipca 1963 roku w czasie pełnienia swych obowiązków umiera na zawał prof. W. Grabowski. Zakład Radiologii pozostaje bez kierownika. W 1965 roku na wniosek rady Wydziału, kierownikiem Katedry Radiologii zostaje doc. dr med. Mieczysław Bielecki ze Szczecina. Po śmierci prof. Grabowskiego, Oddział Radioterapii, pozostający nadal częścią Katedry, a potem Instytutu Radiologii i Radioterapii, w rzeczywistości w dużym stopniu się usamodzielnia.
W 1964 roku Odział zostaje przekształcony w Klinikę Radioterapii, której kierownikiem zostaje doc. dr med. Tadeusz Zieliński, od 1967 – profesor nadzwyczajny, a od 1977 – zwyczajny. W roku 1964 Klinika Radioterapii uzyskuje z UNICEF dwa aparaty rentgenowskie firmy Muller do terapii głębokiej. Rośnie kadra onkologów, kolejni lekarze uzyskują tytuł specjalistów II stopnia w zakresie radioterapii (M. Kuśmierczuk, J. Sułocka, N. Łusznienko-Sobczak, E. Jordan, A. Domaradzka-Woźniak) oraz II stopnia w zakresie histopatologii onkologicznej (A. Cicholska). Rozpoczyna się szybki rozwój Kliniki. Liczba łóżek wzrasta w 1967 roku do 86. Na bazie Przyklinicznej Przychodni Onkologicznej powstaje Wojewódzka Przychodnia Onkologiczna, zapewniająca opiekę onkologiczną i regularne kontrole chorym z terenu Polski Północnej, tj. z woj. Gdańskiego, elbląskiego i słupskiego. Dział Metodyczno-Organizacyjny WPO rozpoczyna organizowanie wojewódzkiego i regionalnego rejestru nowotworów. Kierownikiem WPO zostaje również prof. Zieliński, pełni on także funkcję Specjalisty Wojewódzkiego w dziedzinie Onkologii. Od 1.10.1971 r. prof. dr med. Tadeusz Zieliński powołany zostaje przez Ministerstwo Zdrowia i Opieki Społecznej w skład Rady Naukowej Instytutu Onkologii w Warszawie, a w 1975 roku na stanowisko Członka Krajowego Zespołu Specjalistycznego w dziedzinie onkologii.
Możliwość zastosowania terapii megawoltowej pojawia się w 1970 r., kiedy to ze środków fundacji Jakuba hr. Potockiego Klinika otrzymuje bombę kobaltową firmy Siemens Gamatron-3. Jeszcze przed jej otrzymaniem, w roku 1969 przeszkolony został przez prof. (wówczas dr) Andrzeja Hliniaka w Instytucie Onkologii w Gliwicach zespół (dr Anna Kobierska i 3 techników elektroradiologii), co pozwoliło na rozpoczęcie użytkowania nowej aparatury wkrótce po jej zamontowaniu. Dzięki życzliwości prof. Juliusza Borejko z Warszawy, Klinika Radioterapii nawiązuje współpracę z Instytutem Radioterapii w Glasgow. Dzięki pomocy dr. Halnana, ówczesnego dyrektora Instytutu Radioterapii w Glasgow przeszkolona zostaje w tym instytucie dr Hanna Karnicka-Młodkowska i technik elektroradiologii. Wiele też zawdzięcza Klinika fizykowi z Instytutu Radioterapii w Glasgow, dr. Stawartowi Orrowi, który podczas pobytu w Gdańsku przekazał cenne rady z zakresu dozymetrii i technik napromieniania. Od tego czasu powstaje w Klinice pracownia fizyki promieniowania, zajmująca się dozymetrią, obliczaniem i planowaniem leczenia. Pierwszym fizykiem pracującym w Klinice jest mgr Teresa Ostrowska. W uznaniu zasług dr. Halnana dla rozwoju gdańskiej onkologii, Senat AMG przyznaje mu w 1977 roku tytuł Doktora Honoris Causa naszej uczelni.
Będąc z nazwy jedynie Kliniką Radioterapii, jednostka wprowadza równocześnie nowoczesną chemioterapię nowotworów. Prowadzi także zajęcia dydaktyczne dla studentów, szkolenia podyplomowe dla lekarzy i wielotematyczne badania naukowe.
Od 1981 roku Klinika Radioterapii była koordynatorem w skali kraju tematu badawczego “Opracowanie wskazań do niechirurgicznego leczenia raka płuca w zależności od jego budowy histologicznej i stopnia zaawansowania” realizowanego w ramach Programu Rządowego nr 6. Badania te kontynuowano następnie w ramach Centralnych Programów Badawczo-Rozwojowych.
11 sierpnia 1981 roku nagle umiera na zawał prof. Tadeusz Zieliński. Przez okres ponad 8 lat Klinika Radioterapii pozostaje bez kierownika. Obowiązki te pełnią kolejno: dr Aniela Cicholska, dr Anna Domaradzka-Woźniak i dr Barbara Krajewska.
W 1984 roku Klinika nawiązuje współpracę z Grupą Raka Płuca i Grupą Raka Piersi w Europejskiej Organizacji Badania i Leczenia Raka (EORTC), z Południowo-Wschodnią Europejską Grupą Onkologiczną (SEEOG), a także z grupą prof. Karrera z Wiednia (International Society of Chemotherapy – ISC). W ramach tych grup badawczych prowadzone są prospektywne wieloośrodkowe badania kliniczne. W 1984 roku Klinika Radioterapii organizuje pierwszą międzynarodową konferencję dotyczącą biologii i kliniki raka płuca. Konferencje te organizowane są następnie w odstępach 4-letnich (1988, 1992, 1996, 2000 i 2004) i wchodzą na stałe do kalendarza spotkań onkologów, pneumonologów i torakochirurgów. Każdorazowo konferencji towarzyszy spotkanie Grupy Raka Płuca EORTC. W kwietniu 1994 odbyło się w Gdańsku zebranie Grupy Raka Piersi EORTC – po raz pierwszy w Europie Środkowo-Wschodniej. Kolejne spotkanie Grupy odbywa się w Gdańsku w roku 2003. Od roku 1986 Klinika Radioterapii zostaje członkiem Grupy Ginekologicznej w EORTC, w której w roku 1992 dr Anna Kobierska zostaje przewodniczącą Zespołu Radioterapii.
W 1994 roku Klinika Radioterapii otrzymuje aparat Selectron i rozpoczyna się nowoczesna era brachyterapii w leczeniu chorych na nowotwory. W roku 1985 wprowadzony zostaje komputerowy system planowania leczenia, co umożliwia indywidualizację brachyterapii ginekologicznej i wprowadzenie nowoczesnych technik w teleterapii. Od roku 1980 rozpoczyna w Klinice pracę nowy aparat 60Co do teleterapii, a od roku 1991 pierwszy przyspieszacz liniowy Neptun 10p.
15 kwietnia 1990 powołany zostaje na stanowisko kierownika Kliniki Radioterapii wychowanek tej Kliniki, doc. dr hab. Jacek Jassem, który uzyskał w Klinice wszystkie stopnie naukowe od doktora nauk medycznych poprzez doktora habilitowanego do – profesora. Od tego momentu rozpoczyna się szybki rozwój Kliniki. Zwiększa się liczba asystentów, rośnie liczba specjalistów I i II stopnia, liczba doktorantów. Klinika prowadzi także szkolenie specjalistów dla potrzeb sieci onkologicznej wojewódzkiej, miejskiej i dla ówczesnego województwa elbląskiego. Nawiązana zostaje ścisła współpraca ze wszystkimi dyscyplinami klinicznymi i zapoczątkowane wspólne badania naukowe, co znajduje odbicie w znacznej liczbie doniesień opublikowanych w czasopismach krajowych i zagranicznych monografii książkowych oraz referatów przedstawianych w kraju i za granicą. Wyrazem osiągnięć naukowych Kliniki jest jej stała pozycja w najwyższej kategorii naukowych jednostek uczelni oraz liczne nagrody krajowe i zagraniczne. Rozszerza się zakres współpracy Kliniki z międzynarodowymi grupami badawczymi – EORTC, ESTRO, CEEOG, ISC. Wyrazem uznania dla osiągnięć Kliniki jest wybór prof. Jassema na przewodniczącego Grupy Raka Piersi EORTC w kadencji 2001-2003 i przewodniczącego Środkowoeuropejskiej Grupy Onkologicznej CEEOG (funkcję tę pełni nadal). W tym czasie Klinika uczestniczy w programie TEMPUS, w ramach którego corocznie kilku młodych asystentów odbywa trzymiesięczne staże specjalizacyjne w renomowanych ośrodkach zagranicznych. Znacznie rozszerzony zostaje zakres szkolenia podyplomowego w zakresie onkologii – wynosi on obecnie na Wydziale Lekarskim około 75 godzin zajęć dydaktycznych, co odpowiada zaleceniom Unii Europejskiej. Programem szkolenia w zakresie onkologii zostają objęci studenci stomatologii, pielęgniarstwa i innych kierunków. Trwa rozbudowa zaplecza Zakładu Teleterapii. W 1993 roku decyzją Senatu AMG Klinika Radioterapii przemianowana została na Klinikę Onkologii i Radioterapii. Następuje kolejny etap rozbudowy Zakładu Teleradioterapii. W 2000 r. powstają dwa bunkry oraz nowoczesna modelarnia. W tym samym roku uruchomiony zostaje najnowocześniejszy przyspieszacz liniowy Clinac 2003 C/D z kolimatorem wielolistkowym oraz symulator Ximatron. Zainstalowany zostaje system trójwymiarowego planowania CadPlan i komputerowy system planowania brachyterapii Plato. Cały proces leczenia zostaje objęty komputerowym systemem kontroli i zarządzania Varis-Vision. W modelarni zostaje zainstalowana komputerowa wycinarka do osłon indywidualnych oraz komputerowy system wykonywania filtrów kompensacyjnych. Zakupiony zostaje sprzęt do dozymetrii in vivo. W 2000 r. wdrożony został Program Kontroli Jakości zaakceptowany przez Państwową Agencję Atomistyki.
Od roku 2002 Klinika rozpoczyna organizację corocznych ogólnopolskich spotkań onkologów (Spotkania Po ASCO), na których prezentowane są najważniejsze doniesienia naukowe przedstawione wcześniej na konferencji Amerykańskiego Towarzystwa Onkologii Klinicznej (ASCO) w Stanach Zjednoczonych. Referaty przedstawione są przez wybitnych polskich specjalistów reprezentujących różne dziedziny onkologii, a uczestnikami spotkań jest 400-600 osób z całego kraju.
W 2003 r. rozpoczynają się prace modernizacyjne bunkra dla nowego przyspieszacza liniowego, zmodernizowana zostaje również nastawnia oraz poczekalnia. W trosce o bezpieczeństwo pobytu chorych zainstalowany zostaje system monitoringu i nadzoru na terenie Pracowni Teleradioterapii. Aktualnie wszystkie aparaty terapeutyczne i symulatory objęte są umowami serwisowymi, systematycznie przeprowadzane są przeglądy techniczne, co w znacznym stopniu wpływa na sprawność techniczną aparatów i bezpieczeństwo chorych.
Fachowość poświadczona stosownymi certyfikatami oraz doświadczenie personelu gwarantują wysoki poziom realizacji usług leczniczych zgodnie ze standardami europejskimi.
W kwietniu 2004 r. zostaje oddany do eksploatacji przyspieszacz liniowy Clinac 2300 Silhoutte, równocześnie Klinika uzyskuje certyfikat Systemu Zarządzania Jakością wg ISO 9001:2000. W maju Klinika Onkologii i Radioterapii zostaje przyjęta w poczet prestiżowej Organizacji Europejskich Instytutów Onkologicznych (OECI).
W dniach 23-25 września 2004 r. odbywa się w Gdańsku IX Środkowoeuropejska Konferencja na temat Raka Płuca z udziałem około 700 uczestników z całego świata. Organizatorem jest Klinika Onkologii i Radioterapii, natomiast patronami konferencji są Międzynarodowe Towarzystwo do Badań nad Rakiem Płuca (IASLC), Europejska Organizacja do Badań nad Rakiem (EORTC) i Polskie Towarzystwo Onkologiczne. Honorowy patronat nad konferencją obejmuje prezydent RP, Aleksander Kwaśniewski.
W marcu 2005 r. powołana zostaje Pracownia Wirtualnej Symulacji i Diagnostyki Tomokomputerowej. Pracownia wyposażona zostaje w najnowocześniejszy, pierwszy w Polsce 20-rzędowy tomograf komputerowy o szerokim polu obrazowania SOMATOM Sensation Open. Tomograf komputerowy jest częścią zintegrowanego systemu wirtualnej symulacji firmy Siemens. Oprócz tomografii komputerowej zintegrowany system wirtualnej symulacji w radioterapii obejmuje COHERENCE Dosimetrist – wyspecjalizowaną stację symulacji wirtualnej i LAP CT3 – zautomatyzowany system pozycjonerów laserowych. System ten jest wykorzystywany przede wszystkim do planowania radioterapii u chorych leczonych w Klinice Onkologii i Radioterapii. Równocześnie System Zarządzania Jakością wg normy ISO 9001:200 zostaje rozszerzony o usługi diagnostyczne w zakresie tomografii komputerowej, świadczone przez Pracownię Wirtualnej Symulacji i Diagnostyki Tomokomputerowej.
W 2005 r. Klinika Onkologii i Radioterapii rozpoczyna realizację radioterapii z użyciem modulacji intensywności dawki promieniowania (3D-IMRT). Metoda ta polega na stosowaniu zmiennej mocy dawki i zmiennego w sposób ciągły obszaru napromieniania w trakcie seansu terapeutycznego. Wymaga ona wykorzystania specjalnego dla tego celu programu, tzw. „odwróconego planowania leczenia” i monitorowania zmiennej pracy wysokoenergetycznego przyspieszacza liniowego najnowszej technologii. Pozwala ona zmniejszyć dawkę na tkanki zdrowe przy jednoczesnym zwiększeniu dawki w obszarze nowotworu.
W maju 2005 r. zostaje oddany do eksploatacji nowoczesny przyspieszacz liniowy firmy Varian, Clinac 600C/D o energii wiązki terapeutycznej 6 MeV, wyposażony w system wizualizacji w czasie sesji terapeutycznej. Aparat ten zastępuje wyeksploatowaną i zdemontowaną w 2004 r. bombę kobaltową. Jest to już trzeci nowoczesny przyspieszacz liniowy zainstalowany w Klinice Onkologii i Radioterapii. Instalacja aparatu pozwala na pełną integrację istniejącej w Klinice linii radioterapeutycznej, co przyczynia się do dalszego podniesienia jakości leczenia i zwiększenia jego bezpieczeństwa.
28 września 2005 r. następuje uroczysta odsłona tablicy pamiątkowej poświęconej Profesorowi Tadeuszowi Zielińskiemu oraz nadanie Jego imienia Sali Seminaryjnej Kliniki. W uroczystościach uczestniczą Rodzina Profesora: żona, córki, siostry, wnukowie, Jego przyjaciele, władze AMG i Szpitala oraz byli i obecni pracownicy Kliniki Onkologii i Radioterapii.
W październiku 2005 r. dr med. Rafał Dziadziuszko, adiunkt Katedry i Kliniki Onkologii i Radioterapii otrzymuje prestiżowy grant International Association for the Study of Lung Cancer (IASLC) i wyjeżdża na 3-letnie stypendium naukowe do Uniwersytetu Stanu Colorado w Denver.
W grudniu 2006 r. Kierownik Kliniki Onkologii i Radioterapii, Prof. Jacek Jassem otrzymuje prestiżowe wyróżnienie za działalność naukową – nagrodę Premiera RP.
W styczniu 2007 r. Prof. Jacek Jassem otrzymuje prestiżową Złotą Honorową Odznakę Fundacji „Promocja Zdrowia” w uznaniu Jego zasług w dziedzinie zdrowia publicznego, a w szczególności Jego wieloletniej działalności antytytoniowej.
W lipcu 2007 r. Profesor Jacek Jassem obejmuje funkcję przewodniczącego Komitetu Spraw Międzynarodowych (International Affairs Committee) Amerykańskiego Towarzystwa Onkologii Klinicznej (ASCO). Komitet reprezentuje potrzeby i interesy zagranicznych członków ASCO, zajmuje się koordynacją zagranicznej działalności organizacji, w tym sympozjów, spotkań i innych przedsięwzięć realizowanych wspólnie z towarzystwami naukowymi spoza USA, promocją ASCO na świecie i realizacją różnorodnych projektów.
W listopadzie 2006 r. zainstalowana zostaje nowa wersja komputerowego systemu kontroli i zarządzania Varis-Vision. Klinika zyskuje dodatkowe stacje robocze planowania radioterapii Eclipse, które znacznie usprawniają proces planowania leczenia chorych przyczyniając się do skrócenia czasu ich oczekiwania na rozpoczęcie radioterapii.
W marcu 2007 zostaje oddany do eksploatacji system OBI (On Board Imaging). System pozwala na precyzyjne określenie obszaru napromienianego przed rozpoczęciem właściwej radioterapii.
W sierpniu 2007 r. System Zarządzania Jakością ISO 9001:2000 funkcjonujący w Klinice zostaje poddany recertyfikacji. Otrzymany certyfikat przedłużony zostaje o 3 lata, tj. do 2010 roku.
We wrześniu 2007 roku odchodzi na emeryturę dr med. Anna Kobierska, która od 1992 roku kierowała zespołem radioterapeutów. Kierownikiem Pracowni Teleradioterapii oraz Zastępcą Kierownika Kliniki zostaje dr Rafał Dziadziuszko.
W listopadzie 2007 r. miejsce wyeksploatowanego symulatora Oldelft zajmuje symulator Acuity. Zmiana ta niesie z sobą nowoczesne rozwiązania techniczne pozwalające obrazować bezpośrednio na skórze pacjenta położenie listków kolimatora MLC, bolusów oraz struktur definiowanych w systemach planowania trójwymiarowego.
W czerwcu 2008 r. Marcin Skrzypski, asystent Kliniki Onkologii i Radioterapii Akademii Medycznej w Gdańsku, otrzymuje prestiżowe wyróżnienie naukowe podczas kongresu onkologicznego w USA za odkrycie 3-genowego profilu związanego z rokowaniem chorych na raka płuca. Nagrody Merit Award przyznawane są co roku autorom badań, które dużo wniosły do wiedzy o raku i jednocześnie są szansą na dalsze poznanie procesów związanych z chorobą nowotworową. Jest to pierwsze wyróżnienie tego typu przyznane polskiemu lekarzowi.
W dniach 2-4 października 2008 roku w Gdańsku odbywa się siódma konferencja na temat raka płuca. Współorganizatorami konferencji są m.in.: Klinika Onkologii i Radioterapii, Polskie Towarzystwo Onkologiczne oraz Stowarzyszenie Gdańskiej Onkologii.
21 października 2008 roku Prof. Harry Bartelink, światowej sławy onkolog zostaje doktorem honoris causa AMG. Uroczystość ma miejsce w Auditorium Primum AMG Atheneum Gedanense Novum.
W grudniu 2008 roku Dr Rafał Dziadziuszko, adiunkt Katedry i Kliniki Onkologii i Radioterapii AMG, został laureatem nagrody Jana Kozłowskiego, marszałka województwa pomorskiego w dziedzinie onkologii. Nagroda została wręczona 13 grudnia w Polskiej Filharmonii Kameralnej w Sopocie podczas świątecznego koncertu zorganizowanego przez gdański Lions Club Gdańsk-1.